表皮以外的真皮或皮下组织，以及机体其它器官和组织的霉菌病，称为深部霉菌病。主要由霉菌门中的深部霉菌和原生植物门中的细菌类，如放线菌、奴卡菌所引起。浅部霉菌中的酵母样菌，即白念珠菌，则可产生浅部和深部白念珠菌病。少数污染菌或条件致病菌，如曲菌、毛霉菌和蛙粪霉菌，甚至极个别的表皮霉菌，如铁锈色小孢子菌，也可在皮肤上引起大小片的肉芽肿样霉菌病。有些深部霉菌病只有一种病菌，有些则有多种，如着色霉菌病有10种，而足分支菌病则有6种放线菌(细菌类)和16种霉菌。病因虽不同，但临床表现则并无差异。

我国深部霉菌病的病种较少，发病率一般也较低。由于近年来大量抗生素、肾上腺皮质激素和免疫抑制剂的广泛应用，白念珠菌病的发病率有所增加，孢子丝菌病也有增多，且发于面部的或不典型的较前多见。着色霉菌病仍以山东章丘一带多见。新形隐球菌病虽少数散发，但治疗问题未解决。其它如放线菌病、奴卡菌病、组织胞浆菌病、地丝菌病、曲菌病、蛙粪霉菌病、毛霉菌病、鼻孢子菌病等，仅有极少数发生。我国报道的二例球孢子菌病似都从国外感染得来的。其它深部霉菌病则在我国颇少发现。惟今后国际交往日趋发达，则其中有些病的传入亦颇有可能，应予密切注意。