菌包括霉菌和酵母菌。其中某些可使人患病，或于无生命有机物上生长繁殖，损坏物品。因此真菌的杀灭对保护人们健康，防止物品霉烂具有重要意义。

真菌种类很多，分布广，大多能形成孢子。它们在外界生存力较强，较细菌更耐酸和高渗环境，有者甚至可于1N硫酸或30%盐水中生长。新生隐球菌能在室温下干燥10个月不死; 粗球孢子菌能在培养基或泥土中生存数月以至数年。毛或皮片上的皮癣菌于室内放置一年或更长时间仍可存活。日光对多数霉菌仅能抑制其生长，直射2～3h，亦不能将其杀灭。

物理消毒对真菌的杀灭，以热力最可靠。水煮或微波加热，温度达50～60℃作用1h或100℃作用20～30min，可杀灭所有真菌及其孢子。但黄曲霉毒素耐热力强，需280℃才完全破坏。花生粉中的黄曲霉毒素，经120℃的压力蒸气加热4h，破坏不及50%。用150℃温度炒花生1.5h，仅破坏其中黄曲霉毒素60～80%。

紫外线杀灭真菌的作用较弱。如对黑曲霉孢子，杀灭90%所需剂量为150，000μW·s/cm2，杀灭99%需300，000μW·s/cm2; 对酿酒酵母孢子，杀灭90%需17，000μW·s/cm2; 杀灭99%需34，000μW·s/cm2; 而对大肠杆菌，杀灭90%仅需3000μW·s/cm2，杀灭99%仅需6000μW·s/cm2。真菌对紫外线抵抗力强可能和孢子细胞壁较厚以及某些真菌具有颜色有关。电离辐射对真菌的杀灭作用和对一般细菌相似。0.05Mrad剂量可杀死90%酿酒酵母菌及黑曲霉，0.5～2.0Mrad可杀死所有真菌孢子。但在花生粉中的黄曲霉毒素，2.2Mrad未能降低其毒性。

化学消毒法中，各种消毒剂对真菌都有一定作用。过氧乙酸杀真菌的作用最强，碘伏类、季铵盐类、酚类和含氯消毒剂等亦有较好的作用。过氧乙酸杀灭铁锈色发癣菌、石膏样小孢子菌、白色念珠菌及克氏念珠菌等，仅需0.01%溶液作用0.5～3min，或0.005%溶液作用0.1～5min; 对柏油板上的粗球孢子菌和新生隐球菌的杀灭，亦仅需0.5%溶液作用5min。碘伏的0.01%有效碘溶液、0.1%洁尔灭溶液，可于1min内杀灭白色念珠菌和新生隐球菌。苯酚杀真菌孢子，需1～3%溶液作用8～10min。邻甲苯酚、对氯苯酚和对氯邻甲苯酚对白色念珠菌的杀灭作用均比苯酚强，其苯酚系数分别为2.0、4.0及11.1。0.1%洗必太溶液，于8～10min内可杀灭白色念珠菌和新生隐球菌。甲醛杀灭真菌孢子，需10%溶液作用8～10min。次氯酸钠的0.01%有效氯溶液可于30～60min内杀灭黑曲霉。3%过氧化氢溶液杀灭90%白色念珠菌和黑曲霉，约须作用4～18min。2%碱性戊二醛溶液，杀灭真菌仅需作用5～10min。环氧乙烷气体杀灭真菌，需80～176mg/L，作用0.5～16h。乙醇杀灭真菌孢子，需50～80%溶液作用30～60min。其他消毒剂如重金属盐类和三苯甲烷染料类消毒剂对真菌仅有一定的抑制作用。

真菌污染的食物，可蒸煮0.5～1h，或用121℃压力蒸气作用15～30min。黄曲霉毒素分子中的内脂环和呋喃环可与氧化剂或碱性物质反应，故易被化学消毒剂破坏。食物中若含该毒素，可先将霉菌生长部分清除，再用1N氢氧化钠或0.2%高锰酸钾溶液浸泡2h，然后用清水洗净。用10%食盐水浸洗，也可将大部分毒素破坏。1%苯酚作用2小时，0.5%甲醛溶液加1%碳酸钠作用2h或1%次氯酸钠作用4～6min，均可破坏黄曲霉毒素，但因影响食物味道，故仅于特殊情况下使用。真菌污染的毛巾、头巾、衣服、梳具、理发工具等，最好用熏蒸法消毒; 或用0.1% 的过氧乙酸、新洁而灭或洗必太，2%煤酚皂液，10%甲醛等溶液浸洗10～30min。对地板和家具等，也可用上述药液，或0.5～1%氯胺溶液喷洒或擦拭。对鞋的消毒，可置箱中，放一浸有过氧乙酸或福尔马林的棉球，密闭过夜。被褥、枕头等忌热忌湿物品，可用环氧乙烷或甲醛熏蒸(见“气体消毒剂”条)。未破损皮肤，可用0.1%的过氧乙酸、新洁尔灭、洗必太或2%煤酚皂溶液洗擦，亦可用2%碘酊涂抹; 已破损皮肤，可涂抹1～2%龙胆紫，或0.05～0.1%煌绿溶液。