食品生产经营企业及其主管部门内设置食品卫生管理、食品卫生检验机构，在不同社会制度下有各自不同的需要。我国在颁发食品卫生法前，食品卫生监督主要的形式是卫生部门会同生产经营企业主管部门通过联席会议、联合颁发文件进行食品卫生管理工作，企业的食品卫生工作各自以本系统上级发的文件为准。在此基础上，各生产经营主管部皆设置了主管本系统本部门食品卫生的机构。道德规范的目标是社会主义企业对人民健康负责，以为人民服务的理想进行自我约束。食品卫生法颁发以后，这种机构的任务主要是在本系统进行产品质量管理，其中包括卫生质量。各部门各系统组织的产品质量评比也包括卫生指标。这种体制本身反映了社会主义企业的产品质量应对人民负责的道义上的要求。

企业应设有自身卫生管理体系，包括分别设置卫生管理和卫生检验(可与质量检验合并)机构(或人员)。特别是生产经营易腐败食品的企业和化工产品使用量较多的企业，应分别设立机构。有的国家(如日本)将食品卫生质量当作竞争手段，企业卫生管理机构发展成为行业机构，自己巡回检查，并在官方卫生监督机构中设办公室，以便及时了解食品卫生法规变革新动向，以求在竞争中领先。也有附设联合检验机构，不但定期自己检验成品，也进行工序检验。尚有附设赔偿保险事业，为防止因发生食物中毒而大量赔偿损失，严重冲击本企业经营的稳定性。根据我国目前实际情况，除企业设有自身卫生管理体系外，还应通过法规，如食品卫生法，以规定其职责义务。