地理病理学是对疾病及生理特征的地理分布以及影响分布的因素的研究，是流行病学的一个组成部分。

中世纪鼠疫在欧洲危害惨烈，但以后由于大量土地被开垦了，建设了城镇、村落，鼠疫就迅速消灭了，所以传染病的地理分布不是一成不变的。

各种疾病的地方性是可以通过研究得到解释的。例如中国的日本血吸虫病有严格的地理分布界线。在北纬33度以北没有此病，因为日本血吸虫的中间宿主钉螺不能在干燥寒冷的环境里生存繁殖。没有钉螺的地区或已消灭了钉螺的地区，就不可能有血吸虫病流行。肺吸虫病的地区分布也严格地受中间宿主(第一和第二中间宿主)的支配。E1 Tor霍乱与古典型霍乱的地理分布不完全相同，二者的流行趋势和临床特点亦不完全相同。如果El Tor弧菌被带入具有适于弧菌生存条件(主要是水中的盐、pH和蛋白质)的水中，可以经年生存繁殖;反之，如果E1 Tor弧菌被带入不具有或不完全具有适宜其生存条件的水中，虽可生存一时，但不能“安家落户”而长久为害下去。因此，E1 Tor霍乱能在某些地区形成“地方性”，终年不绝;而在引入不适宜生存繁殖的水中时，虽能引起一些病例，但不能形成“地方性”长久存在下去。

通过地理病理学的研究，疾病的地理分布原因逐渐得到阐明，这是流行病学对人类的贡献。这里所谓疾病不以传染性为限。例如印度北面山区某少数民族居民男子患阴囊癌者较多，经调查研究发现该地区天气寒冷，居民喜用火钵放在裤裆内取暖，由于致癌物质的刺激而致阴囊皮肤癌。

红细胞增多症及其他高山病与空气稀薄、氧气不足有关。江苏启东、海门、南通和如东四县的某些部分，有肝癌严重流行，分布区域大小不等，但都有严格的地理范围，多年不变。经调查研究，肝癌高发区与低发区，居民的饮水来源完全不同。高发区内水流不畅，居民饮的是宅沟、泯沟(灌溉沟)的呆水，而肝癌低发区居民的饮水大都是大河水或井水。在肝癌高发区内，饮用深井水而不用沟水的居民，肝癌发病率亦极低。高发区内居民停用沟水而改用深井水者在短短数年内(5年)肝癌发病率即有显著降低。

河南省食管癌高发地区的居民移居湖北省钟祥县数年后，食管癌发病率高于钟祥的土生土长的居民。故有人认为食管癌的成因可能与人群的饮食习惯的关系大于地理环境。

饮水中含氟量低于正常的地区的儿童龋齿率高，水中加氟后，龋齿发病率降低，停止加氟后则龋齿发病率又复升高。水土含氟量过高的地区，居民可出现氟中毒症。用人工改变水质来研究龋齿、肝癌发病率的变化，是实验流行病学的例子。研究地理病理学的方法，不论用的是实验流行病学或其他研究方法，其主要的方法是比较几个常用的指标，如发病率、罹患率、死亡率、病死率等。用来作比较的对象(对照)必须选择适当，不适当的对照比没有对照还要差。因可使人误信其错误的结论为真。寻求疾病的地理分布不同的原因，可以从三个方面着手：居民特性，生物(病原体和中间宿主)或其他病因，环境。各方面的因素可以单独发生作用或在更多的时候联合发生作用。

所谓比较是多方面的。例如当我们判断甲状腺的地方性的因素存在于本地环境内时必须能满足以下条件： ①区内各种人的发病率均高(不一定完全相同);②同类的人住在别地的不发病;③外来者住了一定时间后发病;④居民迁出病区后所患之病有减轻或自愈倾向; ⑤人工补充碘量于食物中可使食用者免于发病或使病情减轻; ⑥区内易感动物亦可发病。