本病属于自然疫源性疾病，自然疫源地多分布于林区及其附近。我国已知黑龙江、吉林、新疆北部的林区有本病的自然疫源地存在。人的发病也多在这些林区及其周围地区。

在自然疫源地内，远东型TBE病毒在自然界中的野生脊椎动物和媒介蜱中存在而且循环。人只是因偶然进入自然疫源地而受到感染。

媒介主要是全沟蜱(我国及远东)和篦麻蜱(中欧)。在我国东北森林中不同生境蜱的带毒率也有所不同，在以阔叶为主的针阔混交林为8.9%，采伐迹地为9.8%，以针叶为主的针阔混交林为4.0%。在这些生境中，全沟蜱又占绝对优势(占87～92%)，而且密度较高 (每一人工布旗小时平均蜱数在7至74之间，有时可达几百只)。因此，工人在这些地带作业，被蜱叮咬后容易受感染。在新疆，蜱在林边灌木丛中密度高，许多上山采药的人，易受感染发病。

我国东北本病自然疫源地中花鼠、林姬鼠、棕背䶄都可以携带本病毒，但花鼠的带蜱率较高(73.4%)，蜱指数也高(4.4个/鼠)。其它两种的带蜱率则较低(分别为29.6%和26.8%)，蜱指数也低(分别为0.59和0.64个/鼠)。但是棕背䶄是林区的优势种(占76.4%)较花鼠(占6.9%)高的多，作为本病的贮存宿主来说，二者的重要性相差不多。林姬鼠和其他鼠类较少，作为本病贮存宿主的重要性不大。鸟类，特别是在灌丛和地面活动的鸟，如珍鸡带蜱率(43.4～56.9%)、蜱指数(3.1～3.2个/鸟)都较高，作为蜱的饲养宿主，有一定的流行病学意义。

人主要是在进入疫源地被蜱叮咬后受感染发病。有时由于开发林区，使林区周围的家畜受到感染，(如牛血清中和抗体阳性率可达46.9%)，而且成为蜱的饲养宿主，将自然疫源地扩散成为经济疫源地，这样人在其生活区内也可能受感染。在欧洲，羊被蜱叮咬受感染后产生病毒血症，从乳汁中排毒，当人饮用受感染羊的生奶时也可以受感染，如在捷克发生过较大的流行，这时，小儿也可以发病。

本病有一定的季节性，但各地不一样，在我国和远东，多在4～7月，6月为高峰，与媒介全沟蜱活动季节平行。在中欧，由于篦麻蜱是传播媒介，其活动有两个高峰，一是5～6月，一是9～10月。发病曲线与蜱活动曲线相差约14天，与本病外潜伏期相当。

另外本病毒的实验室感染比较严重，曾造成不少工作者的死亡或残废，多为气溶胶感染，应引起注意。人与人之间没有传染性。

林区工作人员要穿防护衣(衣领、袖口、裤腰和裤脚束紧的五紧服);劳动中定时互相检蜱;建立检蜱站，在下班时，对所有工人检蜱; 接种疫苗(过去用福尔马林灭活组织培养疫苗)有一定的保护效果。在林区用有机磷剂灭蜱，一次可使该地整个季节无有蜱的活动，但尚未推广。在欧洲为防止经牛、羊奶传播，他们曾经对家畜用含氯杀虫剂进行灭蜱，(但据说对家畜有害)。对家畜做免疫接种和消毒牛、羊奶。