临床流行病学是以临床病例为基础，探索其所属人群中发病的特征、可能致因、转归，以及评价防治措施的效果与受益，为提高医疗保健措施提供依据的研究。它也就是流行病学在临床上的应用。临床流行病学的研究对象是社会人群中的临床病人，因而它是着重从社会群体的观点来研究临床病例的发生、发展、预后以及防治方法的效果等。在研究方法上将临床方法与流行病学方法相结合，特别常用实验流行病学方法来评价治疗和医疗保健措施的效果与受益，因此强调研究的设计，测量疾病的方法、指标及评价等。

临床流行病学的应用很广泛，各科的临床医师都可以结合其专业开展有关临床流行病学研究。临床流行病学的应用主要有下列几方面。

(1) 普查或筛选病人：为了早期发现和及早治疗，临床医师经常要进行普查或筛选病例，如进行一些寄生虫病、地方病、肿瘤、冠心病、糖尿病、精神病或一些慢性传染病的普查工作。这项工作本身是临床诊断问题，但它也是预防医学中防治疾病措施之一。普查或筛选病例涉及临床与流行病学问题较多，如疾病的临床诊断标准、试验标准、适合在人群中普查的方法和技术等。这些筛选试验与诊断试验的准确性和可靠性，普查资料的处理和分析等都必须用临床医学与流行病学相结合的方法进行研究。

(2)研究医院内交叉感染： 医院的环境易受到致病菌的污染。住院的病人亦容易发生交叉感染。可用临床流行病学方法来研究医院交叉感染的发生原因、因素、防治措施及其效果评价等(参见“医院交叉感染”)。

(3)研究药物疗效和治愈指标测量方法： 药物疗效的研究除进行药理和动物实验研究外，还须在临床或现场进行临床流行病学观察与实验。在这方面一般根据实验设计的原理、流行病学前瞻性调查方法或实验流行病学方法来研究某种新药物与常规药物的治愈率是否有显著差别。某些慢性疾病如乳腺癌的治愈指标，不能用简单的治愈率去衡量，因为其疗程长，发现的早晚不一，其治疗又多是综合性，故不但计算其一般治愈率，而且还须采用队列研究中简缩生命表的累计原理来测量其预后。

(4) 研究疾病的转归： 临床流行病学可用于研究慢性疾病的转归，这包括研究影响疾病转归的因素，也可以研究某些预防性治疗措施对某些疾病转归的影响。例如研究影响乳腺癌的转归的因素，或者研究在系统的抗高血压药物治疗后能否有效地减少脑卒中的发病率及死亡率。心肌梗死易倾向血栓形成而招致猝死，基于其发病机理，医师采取积极治疗措施而预防这种险恶转归的发生。同样也可以观察冠状动脉架桥手术后，评价其手术效果及前瞻观察这种手术在降低心肌梗死发病率和冠心病病死率上可能起的作用。

(5) 病因的研究： 临床医师在医院或现场医疗工作中常遇到一些病因不明的疾病或者一些新发现、新出现的病。首先描述这些疾病，并探讨其病因，获得一些线索，最后由有关学科的专家分别或共同研究并证实其病因而取得成果。这种例子很多，如研究某些染料与膀胱癌，风疹或反应停与先天性畸形，高浓度氧与眼晶体后纤维增生症的关系等都是典型的例子。当前由于化学工业的发展，新药物的应用与环境污染等致病因素日益增多，使人群中疾病与健康问题更为复杂。临床医师在工作中可更多应用流行病学方法来研究一些疾病的病因问题。(6) 评价防治措施效果为医疗保健措施提供依据： 临床流行病学也广泛用于研究医疗保健措施、处理技术、门诊与急诊室管理、家庭医疗服务等效果。例如比较某些疾病在家治疗与住院治疗的效果，早产儿是否常规应用氧气的问题等。

在评价各种防治措施时，还可进行成本-效果分析和成本-受益分析。这不单是评价其效果，而且要结合经济成本核算，即核算该项措施所用的经费(人力、物力、运输及其他)进行成本-效果和成本-受益分析。通过分析，找出又有效、能受益又最省钱的防治措施。

例如应用流行病学方法来研究和分析在预防先天性愚型中使用羊膜穿刺术和治疗性引产的成本-效果和成本-受益。又如进行慢性疾病家庭医护方法的成本-效果分析等。