为了防止检疫传染病由国外传入和由国内传出，在一个国家国际通航的海港、机场、陆地边境和国界江河的进出口岸设立国境卫生检疫机关，对进出国境的人员、交通工具、行李和货物实施医学检查、卫生检查和必要的卫生处理。这种综合措施叫做国境卫生检疫，简称卫生检疫。在实施卫生检疫时，必须根据《中华人民共和国国境卫生检疫条例》和《中华人民共和国国境卫生检疫条例实施规则》进行。

《中华人民共和国国境卫生检疫条例》于1957年12月23日由中华人民共和国第一届全国人民代表大会常务委员会第88次会议通过，同日由中华人民共和国主席令公布。条例规定了应检疫的传染病。另外，为了与植物、动物检疫等有所区别，加上“卫生”的字样。

《中华人民共和国国境卫生检疫条例实施规则》于1958年3月25日由中华人民共和国卫生部发布。1977年卫生部召开了全国国境卫生检疫工作会议，对“实施规则”加以修改，修改稿于1977年11月5日由中华人民共和国卫生部颁布。同时废止1958年发布的“实施规则”。

中国目前规定的检疫传染病为天花、霍乱、鼠疫、黄热病四种。将疟疾、流感、脊髓灰质炎、斑疹伤寒、回归热、登革热六种病列为监察的传染病。

卫生检疫由卫生检疫机关执行。卫生检疫机关包括港口、机场、边境的卫生检疫所及其派出的检疫站，其职责有：报告检疫传染病的发生、流行和终熄情况;对应当受检疫的人实施医学检查和卫生处理;对应当受检疫的船舶、飞机、车辆、行李、货物等，实施卫生检查和卫生处理;对港口、机场、车站、关口以及停留在这些处所的船舶、飞机、列车和其他车辆进行经常性卫生监督，对其内的病媒昆虫和啮齿动物实施检验，并监督主管部门进行防除，在防除措施方面进行指导;对除因意外伤害外，所有其他原因致死的尸体，实施检验和卫生处理;对进出国境的尸体棺柩，进行卫生方面的限制和管理;对港口、机场、车站、关口的饮水、食品，实施细菌检验和卫生监督;签发检疫证件;其他经卫生部指定的工作。

卫生检疫机关所实施的卫生处理，是防止传染病传播所采取的卫生措施。卫生处理包括消毒、除虫、除鼠和染疫动物的处理;对染疫人和染疫嫌疑人分别施以隔离、留验或就地诊验。

卫生检疫机关所实施的卫生监督是卫生检疫工作的重要组成部分，是进口检疫的继续。卫生监督工作主要内容有：①啮齿类动物的调查与防除。对所捕获的鼠类进行分类鉴定，对捕获的鼠和自毙鼠实施细菌学检验。了解防鼠设施，并要求对主管部门做好灭鼠工作。②病媒昆虫的调查与防治。对病媒昆虫(如蚊、蝇、蚤等)的种类和指数，以及这些昆虫的孳生条件、孳生地，原有的防除设备等进行调查，并要求主管部门作好防除工作。③饮水卫生监督。对港口、机场、车站的饮水实施经常性的细菌学检查，保证供给合乎卫生标准的饮用水，以防经水传播。④定期对口岸居民和涉外第一线人员(包括港口、机场、车站以及外宾住宿的饭店、宾馆工作人员等) 进行预防接种，以增强人群免疫力，防止检疫传染病的传播。⑤对停泊在港口内的船舶，应督导船方遵守船舶在港区卫生注意事项，重点掌握船员健康情况，饮水、压舱水、食品、废物、废水的卫生处理情况。⑥加强港口、机场、车站疫情报告制度，建立健全疫情报告网。当发生检疫传染病、疑似检疫传染病或有非因意外伤害而死亡时，实施临时检疫。

国境卫生检疫的消毒是卫生处理的主要组成部分，是切断传染病传播途径的重要措施。但是由于船舶、飞机、车辆等构造特殊，设备精密，部件复杂，因此对消毒的质量要求较高，要求高效、速效、对人安全、不损害设备。实施消毒的范围是：①对检疫传染病的染疫人和染疫嫌疑人的行李、用过的其他物件和卫生检疫机关认为有污染嫌疑的物件、食品等需要实施消毒;②对染疫人占用过的部分和卫生检疫机关认为有污染嫌疑的部分需要实施消毒;③由国外运进或者由国内运出的行李、货物，卫生检疫机关认为被检疫传染病污染或者有污染嫌疑或者可能作为传播检疫传染病的媒介物的时候，可以实施消毒;④国外或者国内有检疫传染病大流行的时候，国家得以命令指定某些行李、货物必须经过消毒，方准由国外运进或者由国内运出;⑤染有霍乱或染有霍乱嫌疑的船舶、飞机上的人的排泄物、废水、废物、装自疫区的压舱水和被污染或有污染嫌疑的饮用水，应当实施消毒后排弃。对来自霍乱疫区未染疫的船舶、飞机，如果卫生检疫机关认为必要时也可以实施上述消毒。

国境卫生检疫的除虫的范围如下：① 由国外运进或由国内运出的行李、货物，卫生检疫机关认为可能携带检疫传染病的传播媒介时，可以实施除虫。②当国外或国内有检疫传染病大流行时，国家指定某些行李、货物必须经过除虫，方准由国外运进或者由国内运出时，实施除虫。③染疫人、染疫嫌疑人和其用过的行李、物品以及所占用的部分和卫生检疫机关认为有污染嫌疑的其他物品等，需要除虫时，可以实施除虫。④对染有黄热病或者有黄热病嫌疑的船舶、飞机以及来自黄热病疫区的船舶、飞机虽然没有染疫，但卫生检疫机关认为必要的时候，应彻底消灭船舶、飞机上的埃及伊蚊和其他黄热病传播媒介。在没有完成灭蚊以前，限止该船距离陆地和其他船舶至少400米。⑤染有霍乱或染有霍乱嫌疑的船舶、飞机，载有霍乱病例的车辆，卫生检疫机关认为必要的时候，可以实施除虫。

国境卫生检疫的除鼠：对来自国外的船舶、飞机、车辆及对港口、机场、车站、关口以及停留在这些处所的交通工具开展经常性的鼠类及啮齿动物的防除工作。国际航行的船舶，船长应当每6个月向卫生检疫机关申请定期鼠患检查，国境卫生检疫机关根据检查结果实施除鼠或者免予除鼠，并且分别发给除鼠证书或者免于除鼠证书。这种除鼠证书或者免于除鼠证书，由签发日起6个月内有效。在沿海、国界江河航行的船舶，卫生检疫机关可以检查、了解船上鼠患情况，督促船方进行防鼠或者灭鼠。对停靠在港口的船舶，卫生检疫机关可以通知该船的船长，采取有效的防止鼠类逃窜的措施。在船上发现死鼠或者捕得鼠类的时候，应当向卫生检疫机关报告，以便检查。