疫区处理包括对传染病患者、患病动物、接触者和周围环境的处理及疫区检疫。

对传染病患者的处理首先应核实诊断，及时进行传染病报告，并隔离病人。传染病患者在疫源地内停留愈久，周围人受感染的机会也愈大。早期隔离不但可以防止疫区内感染的传播，对患者的及时治疗，早日恢复健康也有裨益。

对患病动物的处理视该动物的经济价值或该病对人的危害大小而异，如鼠类或患狂犬病的病犬、患炭疽病的病畜，可直接进行捕杀。对有经济价值的动物，根据情况施行隔离、观察和治疗。

对疫区内接触者应采取医学观察或隔分措施，并给予应急免疫或药物预防。

对周围环境的措施包括消毒和杀虫，如作为非虫媒病的传染源已被移走(入院、死亡等)，主要进行彻底的终末消毒。如病人在家隔离，则应进行随时消毒。某些病原体抵抗力低的飞沫传染病如麻疹、水痘，可以不进行药物消毒。对虫媒传染病主要应进行杀虫措施。

疫区检疫对甲类和乙类传染病的要求基本相似，但也各有其特殊之处。

甲类传染病的疫区检疫： 当发生鼠疫、霍乱、天花等烈性传染病时，应经有关部门批准，封锁疫区。为防止通过交通运输向外扩大蔓延，需要对车站、海港、机场等交通枢纽进行封锁时，应按照国家规定的批准程序，由省、市、自治区人民政府批准，迅速会同卫生部、铁道部、交通部、民航总局等批准，由各有关部门执行。解除时亦同。

严格隔离治疗病人，限制或暂停集市和集会，实施彻底的消毒、杀虫和管理动物传染源，认真追索和登记一切接触者并实施留验。如果接触者出现早期症状或检验结果阳性时，应立即进行隔离治疗。根据需要对易感人群开展紧急的自动免疫、被动免疫或药物预防。检疫措施直至最后一名接触者超过最长潜伏期仍无新病人发生为止。

对必须离开封锁区的人，在他到达目的地后，应接受就地医学观察。限制对该病易感的人进入封锁区。必须进入者，应接受人工免疫或药物预防等保护措施。禁止家畜和可能携带病原体的物品离开封锁区。有关部门要派出医务人员加强封锁区检疫工作。对死者的尸体严加消毒处理，不准外运，积极动员家属采用火葬。与相邻地区密切配合，以便相邻地区采取相应的预防措施。

当病人存在的情况下，要随时对其排泄物、分泌物及被污染的物品进行消毒。当病人住院、死亡或离开疫区后，应对疫区进行一次全面彻底的终末消毒。对鼠疫，尚应进行杀虫措施，对作为传染源的鼠类，应通过各种方法杀灭。

乙类传染病的疫区检疫，在划定的疫源地范围内尽快发现和登记全部患者，及时采取不同方式的隔离，并将疫情迅速报告有关防疫部门。对接触者的处理及消毒、杀虫措施，原则上同甲类传染病。