磷肥厂用磷灰石、氟磷灰石等含磷矿石为原料，生产磷肥过程中产生氟化氢、四氟化硅、含氟灰尘、磷酸雾、氨和二氧化硫等污染环境，其中以含氟污染物危害较大。

普通过磷酸钙肥料是用氟磷灰石和硫酸反应制成，而过磷酸钙肥料则用磷酸与氟磷灰石反应制成，二者都同样产生氟化氢和四氟化硅气体。制造钙镁磷肥料时，用一定比例的氟磷灰石、蛇纹石和焦碳在高温熔融制成，熔化过程产生氟化氢和四氟化硅，熔融物水冷却过程产生含氟废水。磷矿粉肥料是直接碾碎氟磷灰石而成，生产过程有含氟灰尘排出。生产氮磷复合肥料时，用硝酸、磷矿料和氨，可向大气中排出氟化物和氨、氮氧化物等。磷肥厂制造磷酸时，可产生磷酸雾，污染大气。

氟化物污染对人体健康及对工农业可产生危害(见“氟化物污染”条)。磷酸雾主要是腐蚀性危害。

防治磷肥厂对环境污染，应将磷肥厂建筑于当地居民区最小频率风向的上风侧，在当地水源的下游。对含氟废气，可设置洗涤塔、喷射式文丘里管、湿法旋风器或隔板洗涤器等除氟。洗涤所得的酸性废水，加入石灰乳或通过石灰石填充床，使氟化氢和四氟化硅成为氟化钙沉淀除去。也可用碱液循环法洗涤含氟气体，获得氟化钠或氟硅酸钠等产品。含氟废水除氟可用颗粒炉渣过滤或石灰中和，形成氟化钙留存在炉渣中。

磷酸雾可用电除雾器，文丘里洗涤器、纤维除雾器、金属筛网收集器和填料塔等设备清除。

氮磷复合磷肥生产中的污染物，可用干式或湿式旋风除尘器和洗涤器组成除尘洗涤系统予以净化。

我国《工业企业设计卫生标准》有关居住区大气卫生标准中规定： 氟化物(以F计)一次最高容许浓度为0.02mg/m，日平均浓度为0.007mg/m³;地面水中氟化物最高容许浓度为1.0mg/L。