啮齿动物种群数量估计法为研究生态学与评价防制效果的主要方法。目前常用有以下几种调查方法。

夹线法 野外调查，在各种有代表的生境，每隔5m放鼠夹1个，呈一条线路，若为2条平行的线路，间隔应不小于50m。一般每线放鼠夹100个，捕鼠一天为100夹日。以每百夹日捕获鼠数表示鼠密度。室内调查，每5～10m2面积或一间房屋内放鼠夹1个，同样以夹日捕获数计算鼠密度。

小方块法 调查时捕鼠器呈棋盘状布放，其他同夹线法。此为欧洲近年普遍采用者，适用于生境较复杂场所，便于转换为单位面积密度。

饱和捕捉法 在一定面积内，通常1～4ha，连续用捕鼠器捕鼠3d，以每公顷捕捉数表示密度。于易发现鼠洞的草原，尚可采取挖洞捕鼠法以调查单位面积绝对鼠数。

线路观测法 沿一定生境，步行一定路程，沿途计算两侧各5m范围内鼠数或洞数，作为密度指标。通常抽样面积不应少于调查面积的10%。如调查面积为2km2，步行线路采取对角线，两侧各5m的面积即可有10%左右。饱和投饵消耗法 于一定地区内，每隔5～10m(小家鼠地区每隔2m)设一毒饵盒，每日计算毒饵消耗量，并补满原量。连续10d，以最后3d的平均消耗量作为密度指标。此法常用于室内毒饵灭鼠效果评价。

林肯指数(Lincoln index) 调查法 活捕一批动物作标记(M)，释放回原种群中。再活捕抽样(S)，计算其中有标记动物数(R)。P为种群大小。用下式计算得密度：

林肯指数调查法乃基于下列假设： 活捕标记动物(M)为随机来自种群(P)中，释放后又均匀分布于种群中，而后又随机出现于抽样 (S)中。实际上此前提不一定存在，故此法所获数据较难重复。

鼠迹调查法 对易找到鼠洞、粪便、鼠道、啮痕等鼠迹的场所，为一较方便的数量估计方法。适用于调查船舶、火车与一般建筑物中鼠类相对密度。调查前将陈旧鼠迹清除，然后撒布一薄层滑石粉或用烟熏黑纸放于鼠道，翌日仔细检查鼠迹。将所见鼠迹标于现场平面图上，作为相对密度判定的依据。

捕捉标记释放再捕捉法 在孤立场所，用捕鼠笼捕鼠，标记后释放，直到所有个体均被标记为止。记录的总标记数即该地区的绝对鼠数。此法不干扰种群结构与个体间的关系，为评价灭鼠剂较理想方法，但费时、费工，并需环境稳定。其改良法可将每次捕鼠标记累积数与相应新标记的比率，配合直线回归方程，推算总鼠数。