细菌战剂鉴定是细菌战剂快速检验的继续，是在分离到纯菌种前提下准确地确定细菌战剂的种类和性质。

菌种鉴定的原则是把细菌的种看成是由一组相似的菌株构成的，即不是以一个菌株的特性为标准，而是以一组菌株的特性为标准作种的鉴定。对鉴定菌种某一特性用阳性的百分率表示比简单地用阳性或阴性表示科学性更强。

对细菌特征的观察，除形态学和生理、生化的特征外，分子生物学和菌体化学组成的特点已逐渐用于菌种的鉴定。如用DNA的鸟嘌呤加胞嘧啶克分子百分比;用DNA-DNA或DNA-RNA的杂交试验证明种的关系，用热解气相色谱法分析种间和型间菌体成分的差异。

由于仪器设备和工作经验的限制，除形态学特点外，对动物的致病性，抗原结构分析，毒素中和试验，噬菌体和药物敏感试验等仍是确定菌种和分类的主要项目。

对动物的致病性试验 在一般情况下，一种细菌的不同毒力的菌株对敏感动物的最小致死量(MLD)或半数致死量(LD50)相差悬殊。生物战剂重要条件之一是要有较强的致病性，因此在一个污染地区分离的不同菌株，若有一样的毒力，即可证明菌种的同源性。

小鼠和豚鼠是通用的实验动物，但金黄地鼠对类鼻疽杆菌最敏感，测定葡萄球菌肠毒素要用幼猫或猴。细菌毒力的测定，要用在适宜培养基上生长的新培养物制成生理盐水悬液，经活菌计数后作适当稀释，接种菌数应分成个、十、百、千、万、十万几个组，每组接种3只小鼠或1只豚鼠。强毒菌一般只要几个到几十个细菌，即可引起敏感动物死亡。不同战剂应选用的敏感动物，接种途径和判断结果的观察天数见下表。

抗原性试验 用分离的细菌作成抗原悬液和已知效价的诊断血清作定量凝集试验，如果凝集效价达到血清原效价的二分之一以上，即可确定鉴定的细菌所用诊断

主要细菌、真菌、毒素类生物战剂的动物实验

^*测定感染剂量，注射>10⁹个菌体细胞可引起毒血症致死。

^**只作肠毒素活性测定。血清相对应的细菌。由于定量凝集试验对细菌种类的鉴定有确定意义，因此定量凝集试验也称确定凝集试验。

有些病原体，如布氏菌属、弧菌属、沙门菌属和志贺菌属的细菌，抗原构造复杂;有的抗原成分是群特异的，有的抗原成分是型特异的，可用单相(因子)血清进行分群或分型鉴定。

在作抗原性试验时，要注意抗原成分或相的变异，否则容易产生错误的结果。例如来自病人的伤寒菌有Vi抗原，可以阻止抗菌体(O)抗原血清的凝集，因此作定量凝集前需将标本在60℃加热30分钟或100℃ 5分钟以破坏Vi抗原，否则不能得到阳性结果。有Vi抗原的伤寒菌在普通培养基上传代培养后，Vi抗原逐渐消失。

有双相鞭毛 (H)抗原的沙门氏菌有时发生相的变异，只和一个相的抗H血清凝集，需要经过诱导培养才能呈现双相的特征。

菌落由光滑型变为粗糙型也常伴随抗原性改变。如从病后或接触带菌者偶而分离的粗糙型霍乱弧菌和抗霍乱弧菌血清凝集不典型，只能和抗粗糙型的血清发生典型的凝集。

药物敏感性试验 药物敏感性试验不仅在临床上可用来选择对细菌感染症的有效抗生素或化学预防和治疗药物，而且对某些细菌的鉴定也是一项重要指标。如在每毫升含50单位多粘菌素B的普通琼脂平板培养基上，霍乱弧菌的E1 Tor生物型可以生长;而古典生物型^*则被抑制，以此作为鉴别菌型的一个根据。用青霉素抑制试验可以鉴别炭疽杆菌和蜡样杆菌，在每毫升含10单位青霉素的琼脂平板上，前者被抑制，大多数蜡样杆菌菌株生长良好。类鼻疽杆菌对多数抗生素不敏感，抗菌谱的测定是鉴定该菌的一个重要内容。

近十多年来，由于测定抗生素敏感性自动化装置的发展，结合数理分类法和电子计算机的应用，根据抗生素敏感谱的测定可对某些菌属的细菌作出菌种的鉴定。药物敏感性测定在生物战剂的检验中尚可用来发现人工抗药变异性，例如耐青霉素的炭疽菌株或耐链霉素的鼠疫菌株都可能用作生物战剂。

^* 1948年以前在世界上流行，后来只在印、巴次大陆存在的霍乱弧菌，以区别于第七次大流行中的霍乱弧菌。前者称古典生物型，后者称EL Tor生物型。