鼠类为很多人类与家畜传染病的贮存宿主和媒介。发现病原体前若干世纪，即已知鼠类于疾病传播上所起的重要作用。鼠类传播的疾病通常称为鼠源性疾病。按病原体分类概述于下。

细菌性疾病 历史的看，鼠疫为鼠类传播最可怕的瘟疫。公元一世纪，埃及与叙利亚即有记载。14世纪欧洲“黑死病”大流行，死亡2500万人，为当时人口的四分之一。18世纪末19世纪初，该病传至亚洲，死亡4000万人。本世纪初(1898～1923)全世界仍有1100万人死于鼠疫。鼠疫杆菌通常于野鼠中保存而形成自然疫源地。家栖鼠通过与野鼠接触以及体外寄生蚤类媒介作用而染病，随之引起人间鼠疫流行。据世界卫生组织(1974)报告，全世界鼠疫保菌动物有200种以上。我国与鼠疫流行有关的鼠类主要有： 达乌尔黄鼠、长爪沙鼠、子午沙鼠、旱獭、褐家鼠和黄胸鼠等。

野兔热为野生哺乳类，特别是野兔与野鼠中广泛流行的疾病，可经染病动物、吸血昆虫、水或食物传播。现知有92种哺乳类可自然感染，其中啮齿类占58%，共26属54种，主要有： 旱獭、鼠兔、沙鼠、大沙鼠、田鼠、松鼠、 花鼠、 异鼠、水䶄、 仓鼠、 斑仓鼠、 鼹田鼠、 跳鼠、蹶鼠、河狸、钻鼠、姬鼠、巢鼠、地鼠与鼠属鼠类。

鼠类为钩端螺旋体病主要的保菌动物。感染的鼠不发病，病原体从尿中排出。人通过接触鼠尿污染的水或食入污染的食物而受染。到目前为止，我国除甘肃、青海、新疆与宁夏等省，区外，已有26个省、市自治区发现病人或保菌动物，以南方水稻种植区流行最严重。湖南洞庭湖垦区鼠类带菌率高达50%。城市下水道工人发病率也很高。据英国伦敦调查，下水道鼠类带菌率可高达50%。我国已从鼠科、仓鼠科、松鼠科、竹鼠科的20多种鼠中分离出12群钩端螺旋体，其中主要保菌鼠类为黑线姬鼠、黄毛鼠、黄胸鼠、褐家鼠、社鼠、针毛鼠、大板齿鼠及小家鼠等。

蜱传回归热为一经钝缘蜱传播的自然疫源性疾病。我国主要分布于新疆喀什地区。野生动物与家畜为本病贮存宿主。自然感染的鼠类有小家鼠、仓鼠、五趾跳鼠与褐家鼠等。

家栖鼠类有时咬伤人的耳、鼻与足趾，可感染鼠咬热。鼠咬热病原体有二，即减少螺菌与念珠状链杆菌。美国1969年统计，每年被咬者约有14，000例，主要为12岁以下儿童。被鼠咬伤患者破伤风发病率亦较高，5年内未免疫者必须接种破伤风疫苗。

鼠类携带的沙门氏杆菌已知有19种以上，并不时发生由其引起的沙门氏杆菌食物中毒。鼠类亦为肉毒杆菌携带者。肉毒杆菌于鼠尸中繁殖，所产生的毒素污染水源与饲料，可使家畜中毒。褐家鼠、小家鼠、林姬鼠等可携带假结核杆菌。该菌随鼠类粪便排出，污染水源与食物。假结核杆菌极易误为鼠疫杆菌，应注意鉴别。

病毒病 据1975年资料，全世界已自359种脊椎动物分离出病毒，其中啮齿动物76种，占21.2%。病毒脑炎中，东部马脑炎与西部马脑炎的主要自然宿主虽为鸟类，但鼠类也有自然感染。委内瑞拉马脑炎病毒于自然界多循环于蚊、鼠之间，主要易感鼠种有： 屋顶鼠、褐家鼠、小家鼠与棉钻鼠等。森林脑炎病毒宿主，涉及鼠种较多，约4科16种，主要有： 黑线姬鼠、林姬鼠、黄喉姬鼠、大林姬鼠、棕背䶄、红背䶄、原仓鼠、普通田鼠、 狭颅田鼠、花松鼠、灰松鼠和林睡鼠等。大林姬鼠可感染乙型脑炎病毒。

流行性出血热目前我国除西北与南方个别省分外，多有流行或存在。本病以黑线姬鼠为主要储存宿主，其他尚有： 褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、小家鼠、 棕背䶄、大林姬鼠、东方田鼠、黑线仓鼠与大白鼠等。

自然感染口蹄疫病毒的动物很多，涉及8目20科34种，其中鼠类有8科19种。主要有屋顶鼠、褐家鼠、小家鼠、黄鼠、兼栖水䶄、 林姬鼠、 河狸鼠、冠豪猪、 豚鼠等。 其中水䶄最敏感，褐家鼠感染无症状。 病毒从鼠类粪便与分泌物中排出，排毒期可达数月之久。

1966年，泰国从鼠类分离出狂犬病病毒。鼠属的常见种均有自然感染。实验室证明，鼠类接种病毒后7～8天，涎线与脑组织均可发现病毒，但无症状。随后，捷克斯洛伐克与苏联也从黄喉姬鼠、小家鼠、 欧洲棕背䶄与黄鼠中分离出该病毒，但其流行病学意义尚待研究。

拉沙热主要流行于西非，病死率很高达36～67%。多乳鼠为其主要宿主，屋顶鼠与小家鼠亦有自然感染。本病可人传人。鼠间传播，可能通过呼吸道或节肢动物。

立克次体病 地方性斑疹伤寒可经鼠蚤传播，鼠类为主要保菌动物。褐家鼠与黄胸鼠等感染后不发病，但可形成疫源地。恙虫病流行于东南亚一带。据1973年统计，自然感染恙虫病立克次体的鼠种有18属42种。第二次世界大战期间，东南亚病例数达2万以上。该病于我国主要流行于广东、广西、云南、四川、福建、浙江、台湾等省、区，主要宿主有： 黄毛鼠、黄胸鼠、褐家鼠、社鼠、黑线姬鼠与小家鼠等。

Q热系由勃氏柯克斯体所引起的一种动物病，人多感染自家畜。啮齿动物为该病主要保菌者。自然感染的野生哺乳类有90余种，其中鼠类约有50种。其他与啮齿动物有关的立克次体病，有斑点热病组和立克次体痘。

寄生虫病 鼠类为多种寄生虫宿主或中间宿主。利什曼原虫已知有6种18亚种，其中有4种7亚种寄生于鼠类。屋顶鼠、沙鼠与大沙鼠为其主要宿主。弓形体已知有45种哺乳类可自然感染，其中大多数为鼠类，主要为屋顶鼠、褐家鼠、相似鼠与锥鼠。

鼠类亦为血吸虫宿主。虫卵随粪便排出体外污染水体，于钉螺体内发育成尾蚴感染人或其他动物。本病多数鼠类均可感染，主要有： 屋顶鼠、褐家鼠、黄胸鼠与板齿鼠。其他如旋毛虫病、棘球虫病、肝鞭虫病等亦均与鼠类有关。