生物武器的物理防护是指利用物理手段阻止生物战剂及其传播媒介对人体的侵袭。物理防护措施包括两方面：①对生物战剂气溶胶的防护。②对带生物战剂的媒介昆虫(包括其他节肢动物)的防护。在现代生物战中，第一种防护尤为重要。

个人呼吸道防护是对生物战剂气溶胶防护的主要措施。防毒面具是个人呼吸道防护最有效的装备。第二次世界大战以来，防毒面具已多方改进，如提高滤效，减轻重量，扩大视野，加强通话能力，取消导气管，增装饮水设备等，防毒面具的防护原理主要是过滤除菌。良好的面具对空气中的微生物滤效接近100%。无防毒面具时，可采用其他呼吸道简易防护器材。选用对空气中微生物有较好的滤除效果的简易器材，它要与面部密切接合(不漏气)。特制的过氯乙烯纤维轻便口罩，戴用时对空气中微生物的滤效达99.9～99.99%。用棉花纱布制成的防疫口罩亦有较好滤效。其他如：医用口罩、防尘口罩、毛巾口罩，以至在紧急情况下用手帕或其它纺织品捂住口鼻等，亦有一定的防护作用。

人体表面防护，可穿用橡胶或布料防疫服。英国近年研制成以碳布复合材料制做的新型防护服，既可防止放射、化学、生物战剂侵袭人体，又有良好的透气性能，已为一些国家所采用。在不具备上述服装时，扎紧袖口和裤脚，将上衣塞入裤腰(或外扎腰带)，颈部用毛巾围严，戴手套，也有一定防护作用。外穿雨衣或披雨布、塑料布等，效果更好。特制纸质防护斗篷可以披在身上，亦可卧倒时铺垫在地面上，是一种便于携带，处理方便的简易防护器材，有的国家已装备部队使用。此外，戴防毒眼镜或周边密封并能贴紧面部的风镜，可防止生物战剂气溶胶经眼结合膜侵入人体。

构筑三防工事是集体防御生物战剂气溶胶的一项可靠措施。所谓三防工事就是同时具有防护核武器、化学武器与生物武器能力的工事、坑道。对于生物武器的防护，要求工事密闭性良好，除出入口设有防护密闭门外，与外界相通的孔道如水、电管道也是密闭的。同时建立一个缓冲间与人员洗消设备(见图)。空气缓冲间介于污染区与清洁区之间，在通向两区出入口处各设有一密闭门。两侧密闭门上装有自动控制开关，一门不闭，另一门打不开，以防止两门同时开启。缓冲间内设有层流式通风装置或紫外线屏幕，送入和排出的空气都经过滤除菌或(和)电热消毒。

三防工事通风出入口布局图

三防工事对生物战剂气溶胶可进行隔绝式或人工通风式两种类型的防护。隔绝式防护系关紧工事的密闭门，使之与外界空气隔绝以阻止生物战剂气溶胶的进入。隔绝式防护持续的时间长短，随工事中二氧化碳浓度增加的速度而定。一般空气中二氧化碳浓度不得超过2%，否则其中人员可产生明显不适。工事愈大，人员愈少，活动程度愈轻，持续时间愈长。人工通风式防护系在密闭条件下，将空气过滤后输入工事内进行人工通风以阻止生物战剂气溶胶的进入。此法多在工事内空气中二氧化碳含量过高时使用。通风时，工事内气压应高于外界气压2～10mm水柱，以防污染的空气渗入。供风量每人每小时1.5～2m3。空气过滤装置多选用对微生物滤效高于99.9%的滤器 (即高效颗粒气溶胶滤器HEPAFILTER)。对放射性灰尘有效的滤器，对生物战剂亦有效。活性碳颗粒对化学战剂滤效很好，但对生物战剂差，可与超高效滤材合用。

在无三防工事条件下，进入较为密闭的普通工事或房舍中，亦可减少生物战剂的污染。但需结合使用个人防护装备。如乘坐无防护设施的车辆经过污染区时，除做好个人防护尽快通过外，还应紧闭门窗或封严覆盖的篷布。