药物预防即对暴露于某种致病因子的易感人群或个体用化学药剂进行预防，这些化学药剂主要是抗生素、化学制剂，故也可称为“化学预防”。有些传染病如疟疾、病毒性肝炎等，到目前为止尚无有效的特异免疫预防手段。或虽有免疫预防手段，但用于实际尚有各种条件限制。某些疾病如疟疾和流行性脑脊髓膜炎有特异治疗药物，适于用药物预防。

应用药物后，在体内维持一定浓度，使侵入机体的病原体不能生存繁殖，对受感染者起的是治疗或防止发病的作用，而对人群来说，是控制传染源、遏制病原体的散播。疟疾的药物预防：在一些疟疾流行地区，由于条件限制不能大规模灭蚊，又当战士、工程人员或旅游者暂时停留时，可用药物预防疟疾感染，如用喹哌-伯喹合剂。在春末夏初全民服药，能使疟疾发病率及带虫率明显下降。

丝虫病的药物预防：用海群生拌盐，连续长期服用 (每天50mg，半年)，预防效果良好。

流感的药物预防：目前试用金刚烷胺预防甲型流感，据报告有一定效果，且无严重副作用。

地方性甲状腺肿的药物预防：可用含碘食盐供给居民，效果显著。

药物预防的最大缺点是药物作用的持续时间短，须长期持续服用。长期大规模使用药物，易使病原体产生耐药性，如脑膜炎双球菌对磺胺、恶性疟原虫对氯喹及乙胺嘧啶皆已有产生耐药性的报道。某些药物有毒性作用，如伯喹的溶血反应，利福平及二甲胺四环素也都有毒性作用，前者常引起皮疹及胃肠功能紊乱，后者在人群中使用时，能引起前庭神经的不良反应(如恶心、呕吐、运动失调、眩晕等)。

在应用药物预防时，首先应避免上述缺点，如对药效持续时间短的药物，可尽量在流行前期及在整个流行期定期连续使用;如疟疾每半月或每月服预防药一次。

注意勿滥用药物，经常监视、检定流行菌株(或毒株)对药物的敏感性，选择用药。注意药物的副作用。注意观察药物的效果，要有科学的设计，有对照的观察和认真的总结。