疾病生态学是用生态学的观点，研究疾病的病因、宿主和环境三者的相互关系及其发展规律的学科。有人认为疾病生态学就是流行病学。

疾病是自然界的一种现象。病因、宿主和环境是自然界的组成部分。病因、宿主和环境能相互影响。宿主在病因的作用下，当不能同环境相适应时便发生疾病。

生态学是生物学的一部分，它研究动植物(包括微生物)同环境的相互影响。对病原微生物来说，其所寄生的宿主形成了它所处的环境，因此，在传染病方面主要研究病原微生物在个体和群体间的发展规律; 而在非传染病方面，由于病因种类繁多，故病因、宿主和环境三者间关系的研究，就比传染病复杂得多。

同疾病作斗争必须充分了解疾病的发展规律，然后才能找到最经济有效的对策。这就是流行病学的任务之一。所以，研究流行病学必须研究疾病的生态学。流行病学是全面地、深入地研究人同疾病的关系。

进化论是生物学的基本法则。人是生物，也在不断进化和演变中。病因和环境也都在进化和演变中。环境不是固定不变的。生物在变动着的环境中经常发生改变。另一方面，生物又改变着环境，人更有力地改变着环境。自然条件如温度和湿度会影响和改变病原体的生存繁殖，改变疾病的传播，改变昆虫媒介和动物宿主的作用。这些改变有时是不明显的，但很重要。从渔猎时代到农业社会，到城市的兴起，有许多重要传染病的流行。现代，另一批疾病，如冠心病、高血压、中风、糖尿病、消化性溃疡、精神神经疾病、意外伤害等，成了流行病学的研究课题。现代化学合成工业很发达，原子能已在应用，化学肥料、杀虫剂、除草剂等大量应用，许多新物质、人造物质进入自然环境，有的形成污染和公害，引致新的病害和中毒。生存和繁殖是生物的最基本的要求。传染病的病原微生物与宿主之间的关系实际上是一个生存繁殖问题。致病的微生物利用宿主的组织作为其生长繁殖所需要的食物和条件。

不同种类的微生物，有一些对宿主的生存繁衍无害，或有助益，而另一些在一定条件下能导致疾病。这就是共生与寄生。在不同条件下，共生体与寄生体是可变的，例如寄生于豆类植物的根瘤菌可以从空气中固氮制造氮物质，使细菌与宿主互利。

有些不引起宿主迅速死亡的寄生体，可较长久的营其寄生生活。这种在生态学上平衡的相互适应是病原体与宿主在相互作用的长期演变中获得的。某些传染病对婴幼儿往往是比较严重的，甚至是易于致命的。一种新发现的病原体对新近接触的人群，往往危害剧烈。当一种病原体出现新变种时，例如流行性感冒病毒的新变种，会在人群中引起大流行。

有许多传染病如结核病、某些呼吸道感染，以及其他某些细菌、病毒引致的疾病，在多少个世纪以来普遍存在。这些感染很广泛，但发病不一定普遍，可能只影响被感染人口中的一小部分。有些微生物与宿主达成生态学平衡。这些微生物虽可在人群中广泛分布，但不一定具有显著危害性。当生态学平衡发生变化而导致不平衡时，可以发生疾病。

对预防和控制传染病流行最实用的知识是有关感染传播的知识，而这正是传染病的生态学的组成部分。当人们知道某一感染是经水或食物传播的，另一感染是由蚊叮咬传播的，预防措施的设计就有了根据。在伤寒杆菌发现以前，曾由于上下水道的改造，而将伤寒流行迅速控制。

在调查传染病的传播时，首先应该知道传染病的病原体是如何从原先受感染的人或动物排出的，如何到达新的易感者的，如何引起疾病发生的。按照传播途径，传染病可以分为经食物传播的、空气飞沫传播的、接触传播的、虫媒传播的、胎传的以及经水、土传播的传染病等。在虫媒传染病的防治中，生态学观点的重要性最为明显。在疟疾的流行病学中，必须对具有传播能力的蚊种进行深入细致的调查。不同的蚊种适应不同的环境，有的幼虫适应有树荫掩盖的沼泽，有的适应阳光下的水，有的有选择地在清水里生长。这种对水的不同选择性，可能影响蚊虫控制的难易。在蚊的成虫时期，雌蚊的吸血习性，对人血或动物血的偏嗜，活动季节与时间，以及飞动、停留等习性都需要详细研究。这些习性还必须和当地居民的经济、文化、生活等情况联系起来。在许多疟疾流行地区，病原体的储存宿主主要是儿童，而成人则由于过去的感染而有了抵抗力。由此可见，疟疾的发生和流行以及预防控制，是由人、疟原虫、有关的蚊种，以及许多环境因素决定的，更重要的是由以上各个因素互相制约、影响而决定的，或者说由有关的生态学因素决定的。