生物制品消毒是指对医疗预防用的菌苗、疫苗、类毒素、抗毒素、免疫球蛋白以及各种血液制剂和移植用组织等的消毒。生物制品在制备过程中可受微生物污染。由于制品本身为蛋白质有机物或活细胞，微生物污染后极易繁殖，并使败坏，一旦用于人体即可引起不良反应，因此产品出厂前必须严格检验。对活苗，除本菌外，应无其他微生物; 对灭活苗，应无活菌或感染性。欲使最终产品达到上述要求，除保证在生产过程中严格执行无菌操作外，尚需对产品进行消毒处理。

鉴于生物制品遇高热可被灭活失效，因此多用低热、过滤、电离辐射、紫外线照射或添加消毒剂等法消毒。如使类毒素、血清等制品无菌，可于分装前进行过滤除菌;为使移植用的骨、软骨、血管、筋膜、脑膜、肌腱、神经、心脏瓣膜等活组织无菌或制备灭活病毒疫苗，可用电离辐射处理。曾有报道用紫外线照射或添加乙型丙内酯制备灭活病毒疫苗和消毒可能含有肝炎病毒的血液制品等，因效果不稳定，或有致癌作用，未见推广使用。目前尚没有一种适用于生物制品的杀芽胞剂。

为防止生物制品腐败变质，保证安全使用，可加入适宜的防腐剂。所用生物制品防腐剂要求溶解度高，抗菌谱广，于常温和中性pH(6.5～7.5) 时具有良好抗菌作用，不影响制品性能，对人体毒性小，不易被橡胶塞吸收等特点。常用生物制品防腐剂有： 酚类、醛类和汞类。酚类中常用者为苯酚，其毒性较小，但抑菌作用略差，加入量为0.25～0.5%。醛类中常用者为甲醛，有良好杀菌作用，但对人体刺激性强，多用于制备类毒素和灭活疫苗，其最终浓度不应大于0.002%。汞类化合物抑菌作用较苯酚强数百倍，对制品的免疫原性破坏亦少，常用者为： ①硝酸苯汞，使用浓度为0.001～0.002%; ②硫柳汞，水溶性比硝酸苯汞好，加热不分解，多用于吸附制剂和免疫球蛋白的防腐，使用浓度为0.01～0.02%。汞类化合物可用于疫苗、提纯的免疫球蛋白等蛋白质含量较低的制品，不能用于血清。汞类化合物对人有潜在毒性，易被橡胶吸收，并有耐药菌株，因此使用亦受到一定限制。

生物制品防腐剂的使用，除防腐效果外，尚应考虑对制品性能的影响。此问题于制备多联疫苗时尤较复杂。如百日咳、白喉、破伤风，脊髓灰质炎四联疫苗用汞类化合物作防腐剂时，其浓度如对菌苗适当则对脊髓灰质炎疫苗效力有损，如降低浓度又可使百日咳菌苗质量不稳定。为此，选择防腐方案时，须逐个鉴定各组份抗原性的变化后才可确定。

一次用量较大的生物制品，如静脉滴注用的血液制剂，使用防腐剂须慎重。由于现用防腐剂均有轻微毒性，通常此类制品多经无菌操作或物理灭菌法使之达到无菌，并置低温下以延长贮存期。为改进生物制品的防腐性能，已有多种产品制成冻干剂型。生物制品冻干后含水量低，微生物不能生长，易于保证安全。