真菌(霉菌)败血症常见的致病菌有白念珠菌 (占大多数)、曲菌、毛霉菌等。其诱发因素与条件致病性深部真菌所造成的其他感染相同。临床表现与其他细菌败血症相似，但一般较轻。某些病例可无热或仅有低热，无明显症状或症状为原发病的症状所掩盖，相当一部分病例在尸解时始确诊为本病。

真菌败血症一般发生在严重原发疾病的病程后期，病情进展比较缓慢，除血培养可检出致病真菌外，口咽拭子、痰、大便、尿等培养常可获得相同真菌生长。体内各组织、脏器均可累及，出现多发性小脓肿，并可导致心内膜炎、脑膜炎等危及生命的并发症。

治疗真菌败血症目前仍以两性霉素B为首选，剂量按致病菌药敏而定。其他抗真菌药物尚有5-氟胞嘧啶、双氯苯咪唑(miconazole)、球红霉素等。各药物的剂量、给药方法和副作用等见“深部真菌病”条目。双氯苯咪唑在真菌败血症中的应用经验尚少，真菌对5-氟胞嘧啶易产生耐药性;因此二者均不宜单用治疗本病，需与两性霉素B合用。由于真菌败血症不易被察觉，正确用药常不及时，故其预后较差，应用两性霉素B等抗菌药物后的病死率仍在60%以上。