正常人肠道内生存着无数细菌，每克粪便含菌数达10¹⁰～10¹²，约占干燥粪便体积的30%。近年发现严格厌氧菌如乳酸杆菌与类杆菌占很大比重，比需氧菌多100倍。正常情况下，大肠杆菌与肠球菌在肠道需氧菌中各约占50%左右。正常成人的肠菌群是相当稳定的，对外袭菌具有强烈的拮抗作用，且互相依赖、互相制约，处于相对平衡状态。

在机体抵抗力降低情况下，尤其老幼患者应用广谱抗生素后，敏感细菌受抑制，耐药细菌大量繁殖增多，如应用四环素属等抗生素后，大肠杆菌等常住菌减少或消失，过路菌繁殖过剩，可出现临床症状，称为肠菌群交替症，进一步可引起二重感染。这种机会性感染以金黄色葡萄球菌肠炎与白色念珠菌肠道感染较为多见，但由厌氧菌如难辨梭状芽胞杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌等条件致病菌引起者也不少见。

肠菌群交替症大多于滥用抗生素后发生。在应用肾上腺皮质激素、免疫抑制剂、放射治疗后，癌症以及全身衰弱的老幼患者亦易发生机会性感染。在抗生素等影响下，肠道菌群在质与量方面都发生明显变化，可发生定位转移，自身感染与比例失调等情况。

定位转移： 即肠道细菌由原来的繁殖场所转移和侵入其他器官，例如类杆菌从下消化道转移至上消化道，藉其分解结合性胆盐的能力破坏胆汁，影响脂肪吸收，引起脂肪泻。

自身感染：由于全身情况衰竭如肝硬化失代偿期，正常肠菌群中大肠杆菌可引起原发性腹膜炎与败血症。

比例失调： 肠菌群比例失调按其严重程度可分为下列三度： 第一度，常住菌如大肠杆菌或肠球菌减少至正常40%以下，为暂时性可逆变化。停药后自行恢复，不一定产生临床症状。第二度，常住菌显著减少，过路菌繁殖过剩，且持续时间较久，呈慢性感染状态。第三度，即肠菌群交替症所致的二重感染，正常菌群被抑制或消失，为外袭菌所替代，如抗生素应用中引起葡萄球菌伪膜性肠炎。近年来发现应用林可霉素与氯林可霉素后引起的伪膜性结肠炎是由难辨梭状芽胞杆菌感染所致。

肠菌群交替症的临床症状以慢性腹泻为主。根据腹泻性质可分为发酵性与腐败性二型。发酵性腹泻系由于碳水化合物异常分解引起，大便呈水样，多泡沫，常伴有腹鸣、腹胀。腐败性腹泻时，腹胀和排气较轻，大便呈腐臭味。肠菌群交替症患者的全身症状较轻，一般不伴有发热等症状。与抗生素相关的结肠炎常在林可霉素与氯林可霉素治疗后4～10天发病，重者可出现脓血便的痢疾样症状。

抗生素治疗中如发现患者症状好转后，继而恶化，应考虑菌群失调和菌群交替症的可能。肠菌群交替症的诊断主要依靠细菌学检查，包括定量检查，尤其抗生素治疗前后的对照观察有诊断价值，表现为正常菌群减少或消失，而过路菌有过度繁殖现象。难辨梭状芽胞杆菌所致结肠炎可从粪便中检测毒素，该菌与污泥梭状芽胞杆菌含有共同抗原，故可采用后者的抗毒素来检测。

根据粪便中菌群种类，可采取不同治疗措施。应及时停用广谱抗生素。轻者常不治自愈，重者需予适当治疗。发酵型应限制碳水化合物;败腐型应限制蛋白质。粪便中大肠杆菌减少者可服用乳糖; 肠球菌减少者可加用叶酸10mg，每日3次。对老、幼、衰弱患者，可用全身支持疗法如补充营养与维生素，必要时小量输血。根据粪便中交替菌的药物敏感试验，必要时给予适当抗生素口服治疗。

另外，可口服表飞明等乳酸杆菌的活菌制剂。葡萄球菌性伪膜性肠炎可采用正常人粪便悬液灌肠治疗。也可采用促进乳酸杆菌生长的物质如半乳糖-果糖，以扶植正常菌群。