装备有监测设备的特种船只，它是流动性的“水质监测站”，主要功能是辅助固定性监测站的工作。它根据需要活动于江河湖泊以及海洋地区，当污染事故发生时它可进行污染源的追踪，及时发布污染危害警报以及提供下游安全供水情况;平时可进行巡回监测，并进行有关水源保护的科研工作，而这些科研在一般实验室中是无法进行或不能确切进行的项目，如研究稀释自净规律、污染物的扩散、迁移、变化等情况。水质监测船其设计原理除必须符合造船规范外，应满足水质监测的职能要求，主要有：①操作灵活，行驶机动，有相当的航速和相应的航区，以利监测工作。②监测船在行驶中必须稳定，振动小，以适于精密仪器、一般仪器的安放使用及各种化学操作。③通风良好，室温恒定，相对湿度不宜大于85%。④供电供水能满足实验要求。⑤有足够的实验面积并装有与监测作业所需的设施(如取样装置，水文气象观察，船舶定点定位断面测量等)。⑥有废水废物的处理设备等。

中国第一艘长江水质监测船《长清》轮于1975年5月下水试航。1980年11月通过国家鉴定。船体总长50m，宽8.6m，有600匹马力的发动机2台，平均航速26km/h，可在长江干流重庆—上海间2500km航线上开展水质监测作业。船上装有测流取样电动吊杆，最大起吊量500kg，可采集底泥及采集任意水深的水样，并可作水文测量。底舱装有连续自动取样装置，升降式取样管可伸入水下0.5m处，连续取表层水样。附带有玻璃钢工作艇一只，长6m、宽约1m、航速18.4km/h，该艇配合大船作业，可取岸边表层水样。《长清》轮上设有水文气象、水生生物、微生物、化学分析、色谱分析、原子吸收分析、自动监测仪器、精密仪器、放射性分析等九个实验室，能对水温、电导率、氧化还原电位、混浊度、悬浮物、总碱度、总硬度、溶解氧、化学耗氧量、生化需氧量、汞、铬、铜、锌、铝、锡、镍、砷、酚、氰、氟、氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮、氯根、硫酸根、磷酸根、木质素、有机氯、有机磷、硝基化合物、总有机碳、总α放射性、总β放射性、细菌总数、大肠菌群等项目进行分析监测，以及进行流量、流速、流向、断面、含沙量等水文测量和对温度、湿度、风向、风速、气压等气象要素的观测，其中有相当一部分的项目是自动化监测，并可和电子计算机联用。