由于传染病具有传染性，因此传染病治疗必须综合性。除病原治疗外，必须和隔离、消毒、检疫、卫生宣教、流行病学调查等各项预防措施密切结合，以达到治愈病人、控制传染源以及防止传染病传播的目的。应注意生活安排，以支持病人对疾病作斗争。患者应卧床休息，供应富有营养和维生素的饮食，细致贴心的护理，保持口腔、皮肤清洁，防止褥疮、肺炎并发症等。

目前病原治疗应用最广泛的药物为抗生素与化学制剂，少数传染病仍用抗毒血清，个别病种采用噬菌体，偶用菌苗、疫苗治疗。治疗传染病的抗菌药物发展很快，不断有新品种发现。

利用化学药物治疗传染病的范围比较广泛，最常用的为磺胺药有磺胺嘧啶、磺胺脒、磺胺甲基异噁唑、磺胺二甲嘧啶等，如和甲氧苄氨嘧啶合用其抗菌范围更为广泛。细菌对各种磺胺药之间可产生程度不等的交叉耐药性。 呋喃类药物如呋喃唑酮(痢特灵)、 呋喃呾啶及萘啶酸、吡哌酸也是常用的化学制剂。治疗病毒性疾病的化学制剂，近年人工合成了多种干扰素诱导物，其中聚肌甙酸和聚胞啶酸的共聚物诱导效价最高，称聚肌胞(poly-inosinic-polycytidylic acid; poly I：C)，用于预防呼吸道病毒感染、疱疹性角膜炎、疱疹性脑炎等均取得一定疗效。其他化学药品还有金刚烷胺(amantadine)、金刚烷乙胺(rimantadine)、丙铵肌苷(isoprinosine)、异喹啉类(isoquinolines)、甲吲噻腙(methisazone)、碘甙(idoxuridine)即疱疹净、阿糖胞苷(cytarabine)、阿糖腺苷(adenine arabinoside)、羟乙氧甲基鸟嘌呤(acy-clovir)、干扰素以及三氮唑核甙(virazole)等都在防治病毒性疾病中试用。

目前应用于临床的抗生素，国内约60余种，其中比较常用者有30余种。但应用抗生素必须有明确的指征，并应采取相应的措施以减少或防止药物副作用的发生。常用的抗生素有： ①青霉素族： 其中青霉素G，主要用于溶血性链球菌、肠球菌、敏感的金黄色葡萄球菌 (金葡菌)、肺炎球菌、脑膜炎球菌等引起的感染，以及气性坏疽、炭疽、梅毒、淋病等。半合成耐青霉素酶的新青霉素如甲氧苯青霉素(methicillin)、苯唑青霉素(oxacil-lin)、邻氯青霉素 (cloxacillin)、双氯青霉素(dicloxa-cillin)、乙氧萘青霉素(nafcillin)等的主要适应证为耐青霉素G金葡菌所致的各种感染。氨苄青霉素(ampici-llin)主要适应证为流感杆菌、奇异变形杆菌、沙门菌及敏感的肠道革兰阴性杆菌所致的各种感染，对小儿化脓性脑膜炎尤有应用指征。羧苄青霉素(carbenicillin)主要用于绿脓杆菌感染及变形杆菌、大肠杆菌、其他革兰阴性杆菌、厌氧菌等所引起的各种感染。②头孢菌素族(cephalosporins)：主要用于耐青霉素G的金葡菌、溶血性链球菌、肺炎球菌及肠道革兰阴性杆菌所引起的各种感染。③氨基甙类抗生素，其中链霉素主要适应证是结核病、鼠疫、兔热病等。卡那霉素和庆大霉素是治疗革兰阴性杆菌感染疗效较好的两种抗生素，其主要适应证为大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、克雷白杆菌、产碱杆菌、沙雷菌、硝酸盐阴性杆菌、耐青霉素G的金葡菌等所致的各种感染。对链霉素耐药的结核病可改用卡那霉素治疗。庆大霉素尚对绿脓杆菌感染有效。妥布霉素(tobramycin)、丁胺卡那霉素(amikacin)的适应证同庆大霉素。④四环素族： 主要适应证为立克次体病、布氏杆菌病、支原体肺炎、霍乱等以及敏感细菌所致的肺炎、败血症、尿路感染、肠炎等。半合成四环素族如二甲胺四环素(minocycline)、强力霉素(doxycycline)等的适应证同四环素。⑤氯霉素族： 主要适应证为伤寒、副伤寒、其他沙门菌感染、流感杆菌感染、厌氧菌感染、立克次体病等。氯霉素在脑脊液中的浓度较高，故常用于治疗各种细菌性脑膜炎。⑥大环内酯族：如红霉素，主要适应证为革兰阳性球菌如葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎球菌、肠球菌所致的各种感染，以及支原体肺炎、白喉带菌者等。⑦林可霉素 (lincomycin) 和氯林可霉素(clindamycin)： 主要适应证为革兰阳性球菌所引起的各种感染，对各种厌氧菌引起的感染亦有效。⑧多粘菌素族： 主要适应证为绿脓杆菌、大肠杆菌、产气肠杆菌、克雷白杆菌等所致的各种感染。⑨利福平： 主要用于结核病及金葡菌感染。⑩抗真菌抗生素： 有制霉菌素(nystatin)、两性霉素B (amphotericin B)、双氯苯咪唑(miconazole)、球红霉素等。

在应用抗菌药物前如有条件应尽早作病原菌培养，并测定其药物敏感度(药敏)试验或联合药敏试验，以供选用或调整抗菌药物时参考。体外药敏结果和临床效果符合率约为70～80%。选择抗菌药物应结合诊断、感染轻重、患者一般情况，有无肝肾功能减退、药物副作用、细菌产生耐药的可能性、药物供应情况等加以综合考虑。使用抗菌药物用量应适当，疗程应充足，以免细菌产生耐药性或引起复发。在用药过程中应注意药物的毒性反应、过敏反应和二重感染。

抗毒血清目前仅用于治疗少数主要由外毒素引起的疾病如白喉、破伤风、肉毒中毒等。此外，尚有利用全血、血浆、恢复期血清、各种丙种球蛋白、人体特异高效价免疫丙种球蛋白等以预防和治疗传染病。由于抗毒血清来自动物，因此在注射前，须作皮肤过敏试验。如试验阳性，血清注射应特别慎重，必须采用小剂量逐渐递增的脱敏方法。如注射后发生过敏反应，应积极对症处理。在某些慢性传染病中，如慢性活动性乙型肝炎，有试用免疫增强剂如转移因子、干扰素、左旋咪唑，或免疫抑制剂如肾上腺皮质激素、硫唑嘌呤、D-青霉胺 (D-penicillamine)等，其疗效尚待继续观察。免疫核糖核酸亦在试用中。噬菌体目前已很少应用，仅对某些顽固性感染，如大面积皮肤烧伤或肺部绿脓杆菌感染，作为辅助治疗。

对症治疗和支持疗法，对减轻或消除症状，改善病情，支持人体防御机能，增强与疾病斗争的力量，极为重要。高热者应用降低室温或物理散热疗法，以降低人体代谢，减少氧的消耗量。循环衰竭或有呼吸困难者应给氧。药物对症治疗常用的有各种退热剂、镇静剂、止痛剂等，应用这些药物时，应注意可能产生的副作用和对原有疾病的不良影响。急性传染病患者因发热、进食少，或因呕吐、腹泻，丢失和消耗体液较多，因此补充液体极为重要。可根据生理需要和体内损失情况补充液体及钾、钠、氯、钙等电解质，以改善微循环，维持水与电解质平衡及酸碱平衡，促进毒素的排泄。改变人体反应性的疗法，其目的在于提高人体的应激状态，扭转病理性反应，纠正中毒现象，调整各种功能，增强人体的防御机能。对严重感染的病人，在应用抗菌药物的同时，可加用肾上腺皮质激素，如氢化可的松、地塞米松等。有周围循环衰竭，甚至出现感染性休克时，应补充血容量、纠正酸中毒，并根据病情发展的不同阶段，选用血管活性药物，如间羟胺、去甲肾上腺素、多巴胺、异丙基肾上腺素、酚妥拉明以及抗胆碱能药等。发生呼吸衰竭时，除保持呼吸道通畅，作人工呼吸及给氧外，可应用呼吸兴奋剂。有脑水肿表现时，用脱水剂。有心力衰竭时可用强心药。左旋多巴对早期肝昏迷有一定效果，亦可用于治疗脑炎后的震颤性麻痹。发生播散性血管内凝血者，早期应用肝素有良好效果。自身菌(疫)苗对某些慢性传染病，如布氏杆菌病，乙型肝炎表面抗原携带者等可以试用。物理疗法常用于脊髓灰质炎的麻痹期、乙型脑炎后强直性瘫痪后遗症等。

根据各种疾病的不同特点，可采用辨证施治、中草药治疗及针灸治疗等。急性传染病在祖国医学中大多属温病范畴，一般采用卫气营血辨证。治法着重于解表、宣肺、清气、泻下、生津、开窍、化斑、滋阴、熄风等。方剂中常用的有银翘散、桑菊饮、白虎汤、增液承气汤、犀角地黄汤、安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹等。中草药大黄、黄柏、鱼腥草、金银花、蒲公英、野菊花、夏枯草、青蒿、板蓝根、大青叶等在体外、体内似都有抗病毒作用。穿心莲、四季青、黄连、鱼腥草、千里光等亦为抗菌谱较广的中草药，在防治传染病中有一定地位。新针疗法在传染病急性期用以退热、止痉、止痛等，在恢复期与后遗症的治疗，如瘫痪、聋哑等，都获得较好的效果。耳针、穴位注射亦在试用。有时配合按摩、推拿等治疗脊髓灰质炎后遗症，成功地治愈了不少病例。